Unter optimalen Bedingungen, das bedeutet bei einer Temperatur von 18 - 21°C und einer konstanten relativen Luftfeuchtigkeit von 65 - 70% können Zigarren generell unbegrenzt im Humidor gelagert werden.
Gerade hochwertige Premium Zigarren entfalten oftmals erst nach jahrelanger Lagerung ihr besonderes Aroma.
Für den normalen Zigarrenraucher, der in seinem Humidor bzw. in seinem Humidorschrank sowohl Zigarren für den zeitnahen Konsum als auch einige Kisten zur Einlagerung über einen längeren Zeitraum aufbewahrt, ist die Lagerung bei Zimmertemperatur eine sinnvolle Empfehlung. Dabei spielt es eine untergeordnete Rolle, ob das Thermometer im Sommer mal für einige Wochen 28 °C im Humidor anzeigt. Voraussetzung ist, dass die relative Luftfeuchte den richtigen Wert aufweist und zum anderen konstant ist.
Temperaturschwankungen in einem Bereich von 15 bis 30 °C zerstören eine Zigarre nicht. Anders verhält sich das Ganze bei schwankender Luftfeuchtigkeit. Wird die Zigarre zu feucht gelagert, dehnt sie sich aus. Wenn dann die Umgebungsluft abrupt trockener wird, kann das schrumpfende Deckblatt die Spannungen der Einlage nicht mehr halten – es kann dann einreißen. Deutlich wird dies durch aufgesprungene Brandenden und geplatzte Deckblätter.
Der Begriff "relative Luftfeuchte" (rF) beschreibt folgendes: 1 Kubikmeter Luft kann eine bestimmte Menge Wasser, gelöst als Wasserdampf, aufnehmen. Bei 20 Grad Celsius sind das maximal 17,3 Gramm Wasser. Mehr ist rein physikalisch nicht möglich. Denn dann ist die Luft mit Wasser gesättigt, und es herrschen 100 Prozent relativer Luftfeuchte. Würde man der Luft mehr Wasser zuführen, so würde das Wasser als Nebel bzw. als Wassertropfen in der Luft verbleiben und nicht mehr gasförmig gelöst sein, das heisst, das Wasser würde auch als Niederschlag an den Wänden sichtbar werden.
70 Prozent relative Luftfeuchte bedeutet nun: In der Luft befinden sich, stets bezogen auf die aktuelle Temperatur, 70 Prozent der physikalisch maximal möglichen Wassermenge. Bei 20 Grad Celsius sind das demnach: 0,7 x 17,3 Gramm = 12,1 Gramm Wasser (gelöst) pro Kubikmeter Luft. 15 Grad Celsius warme Luft kann pro Kubikmeter Luft hingegen nur noch 12,8 Gramm Wasser aufnehmen. Bei dieser Temperatur wären bei 70 Prozent relativer Luftfeuchte also nur noch 0,7 x 12,8 = 9 Gramm Wasser (gelöst) pro Kubikmeter Luft vorhanden.

Bei Temperaturen unter 12°C wird der gewünschte Alterungsprozess der Zigarren beeinträchtigt. Deshalb sind kühle Weinkeller meist nur bedingt zur Zigarrenlagerung geeignet.
Zigarren nehmen das Aroma Ihrer Umgebung auf. Das bedeutet, dass sie nicht nur das Aroma des Innenraumes des Humidors aufnehmen, sondern auch das Aroma anderer im Humidor gelagerter Zigarren. Im Humidor befindliche Divider / Tabelare werden dazu verwendet diese Aromaübertragung zu begrenzen. Um jedoch Aromeneinflüsse anderer Zigarren gänzlich zu vermeiden, müssen die Zigarren in unterschiedlichen Humidoren gelagert werden. Einige Aficionados schätzen jedoch gerade die Vermischung der Aromen und lagern Zigarren unterschiedlicher Stärke (insbesondere unterschiedlicher Herkunftsländer) gemeinsam in einem Humidor.

Durch die Lagerung der Zigarren in der Zellophanhülle / Tubos oder in den Original Zigarrenkisten kann diese Aromaverfärbung ebenfalls verhindern werden.

Das bringt uns zum nächsten Punkt.

Die Zellophanfolie schützt die Zigarre einerseits vor zu großem Feuchtigkeitsverlust während des Transportes und ist bei der Lagerung im Humidor eher störend, da eine optimale Luftzirkulation und ein evtl. gewünschter Reifeprozess nicht stattfinden können.
Daher sollte die Plastikfolie an einem Ende geöffnet werden, damit die Luftzirkulation gewährleistet wird.
Ein häufig anzutreffendes Problem ist eine ungleichmäßige Feuchtigkeitsverteilung im Humidor.
Bei Humidoren ohne elektronische Befeuchter ist der Zigarrenliebhaber oftmals gezwungen seine Zigarren regelmäßig umzulagern, um so ein gleichmäßiges Feuchtigkeitsniveau und eine optimale Luftzirkulation zu erreichen.